Le Conseil de l'Université a adopté un organigramme en attendant le vote de la loi organisant l'UEH. Le décret du 16 décembre 1960 fixe le cadre d'organisation de l'UEH. Le dispositions transitoires convenues en 1997 entre le Ministre de l'Éducation Nationale et le Conseil Provisoire de l'Université corganisent l'administration centrale de l'Université.
Le conseil de l'Université, organe d'orientation et de supervision est la plus haute autorité de l'université. L'administration centrale est confiée au Conseil Exécutif assisté d'un Administrateur et d'un Secrétariat Général.
Les facultés, écoles et Instituts sont dirigés par des doyens et des direteurs élus. Certaines facultés se sont donné une direction collégiale. Dans certaines d'entre elles les conseils de professeurs détiennent des pouvoirs importants alors que d'autres accordent aux directeurs de département un rôle essentiel. En tous les cas, la plus large participation est recherchée dans la gestion interne des unités d'enseignement.
Les écoles et faculté de province entretiennent avec l'administration centrale des liens fort lâches : il existe au rectorat un bureau de liaison avec les facultés de province.
L'organigramme de l'UEH peut être téléchargé ici au format PDF
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